شهر جلفا به عنوان مرکز این منطقه است که در حاشیه رود ارس قرار دارد . این منطقه بین دو منطقه ی محافظت شده ی کیامکی و ارسباران واقع شده است . آب و هوای این منطقه در ۶ ماهه دوم سال نسبتا سرد و در ۶ ماهه نخست سال معتدل و گرم است . مجموع محدوده منطقه آزاد ارس شامل بخش هایی از سه منطقه جلفا ، کلیبر و خدا آفرین می شود .
