آیت الله سید ابراهیم رئیسی رئیس جمهور با صدور پیامی ضمن تسلیت درگذشت آیت الله محسن مجتهد شبستری از خداوند متعال برای ایشان علو درجات و همجواری با ائمه اطهار(ع) را مسالت کرد. متن پیام آیت الله رئیسی بدین شرح است:
«بسم‌الله الرحمن الرحیم
انالله و انا الیه راجعون
رحلت عالم مبارز و انقلابی حضرت آیت‌الله محسن مجتهد شبستری (قدس سره) عضو مجلس خبرگان رهبری و مجمع تشخیص مصلحت نظام، موجب تألم و تأثر فراوان شد.
این روحانی مجاهد و انقلابی که از پیشگامان شکل گیری نهضت امام خمینی بود، با حضور موثر در سنگرهای مختلف خدمتگزاری به ویژه در سنگر عبادی و سیاسی نماز جمعه و چندین دوره نمایندگی در مجلس شورای اسلامی و نیز تألیف و نشر کتابهای ارزشمند و ترویج فرهنگ و معارف دینی، عمر شریف خود را در مسیر تبیین ارزش های اسلامی و خدمت به مردم و انقلاب سپری کرد و آثار ارزشمندی به یادگار گذاشت که همواره در خاطره ها باقی خواهد ماند.
اینجانب این مصیبت را به مردم استان آذربایجان شرقی، حوزه های علمیه، نمایندگان مجلس خبرگان، شاگردان و علاقمندان به ویژه بیت مکرم آن عالم وارسته تسلیت گفته و از درگاه خداوند متعال برای ایشان علو درجات و همجواری با ائمه اطهار(ع) مسالت دارم.»
آیت‌الله محسن مجتهد شبستری عضو شورای مرکزی جامعه روحانیت، مجلس خبرگان رهبری و مجمع تشخیص مصلحت نظام، عصر امروز (چهارشنبه) به علت سکته در بیمارستان امام حسین(ع) تهران دعوت حق را لبیک گفت.
